Staffel Neun von Scrubs startete in den USA am 1. Dezember 2009. Es ist die erste Staffel, in der J.D. nicht mehr Haupt-, sondern nur noch Nebendarsteller ist. Auch viele andere Hauptcharaktere der Staffeln 1 bis 8 belegen entweder Nebenrollen oder kommen gar nicht mehr vor.
Zuvor hatte ABC bekannt gegeben, trotz des verkündeten Endes von Scrubs eine neue Staffel abzudrehen. In Deutschland startete die neunte Staffel am 1. Februar 2011 um 22:15 Uhr mit einer Doppelfolge im Privatsender ProSieben.
Frisch verheiratet und ein Kind erwartend, kehrt J.D. zu seinem besten Freund Turk ins neu erbaute New Sacred Heart zurück, um dort und an der Winston Universität zeitweise zu arbeiten. Er lehrt dort, zusammen mit seinen früheren Kollegen Dr. Cox, Dr. Kelso und eben Turk als Professor für Medizin. Die schon bekannte Ex-Schülerin Denise Mahoney arbeitet als Studentenberaterin jetzt auch dort. Ihre Aufgabe ist es, die neuen Medizinstudenten Lucy Bennett, Cole Aaronson und Drew Suffin an das Arzt-Sein zu gewöhnen. Mit J.D. verbindet Lucy eine besondere Beziehung, da er ihr vor allem hilft, den Druck ihrer Eltern und Dr. Cox zu ertragen.
Die Handlung konzentriert sich nicht mehr auf J.D., Elliot und Co., sondern auf neue Medizinstudenten. Diese sind:
Am Beginn der Staffel - ein Jahr nach Ende der 8. - kehrt J.D. an das Sacred Heart Hospital zurück - dieses wurde unter dem neuen Namen "New Sacred Heart" inzwischen am Campus der Universität von Michigan neu aufgebaut. Viele ehemalige Ärzte des Sacred Heart arbeiten noch immer im Krankenhaus - etwa Turk, Dr. Cox, Dr. Kelso, Elliot, Denise Mahoney und Todd.
Neben ihrer Arzttätigkeit arbeiten einige dieser Ärzte an der Medizin-Uni als Lehrer, im Speziellen Turk und Dr. Cox. Denise Mahoney ist als Studentenberaterin angestellt.
Die Medizinstudenten verbringen ihre Zeit sowohl an der Uni, als auch im New Sacred Heart. Ebendort sind die bisherigen Hauptdarsteller ab und zu zu sehen, da viele für Gastauftritte zugesagt haben.
Sobald man die ersten Folgen gesehen hat erkennt man ganz klar, dass zwar J.D. anfangs noch den Protagonisten spielt aber Lucy Bennett seine Rolle Folge für Folge mehr übernimmt.
Des Weiteren hat man versucht an das alte System von Scrubs anzuknüpfen. So hat besonders Lucy den gleichen Charakter wie J.D., nur, dass es nicht mehr grotesk wirkt, da Lucy eine Frau ist. Dennoch dient auch sie als Erzählerin und hat während ihres Alltags als Studentin absurde Tagträume.
Ted Buckland, der Anwalt des Krankenhauses, verlässt dieses in der vierten Folge, und geht mit seiner Freundin Stephanie Gooch auf Reisen.
Der Hausmeister kommt in dieser Staffel nicht mehr vor, Turk erzählt im Rückblick, dieser habe einen Tag nach JD das Krankenhaus verlassen, nachdem ihm gesagt worden war, dass JD nie mehr zurückkommen würde.
Auch bemerkt man, dass Carla Espinosa, Oberschwester der Staffeln 1-8 und Turks Frau, in der 9. Staffel nicht mehr vorkommt. Der Grund ist, dass ABC ihr nur noch eine Rolle als Nebendarstellerin anbieten konnte, da eine Krankenschwester nicht oft genug in die Story mit eingebunden werden kann. Darauf lehnte Judy Reyes die Rolle ganz ab.
Das Intro etwas abgeändert und von WAZ gecovert, im Vorspann sind Lucy, Cole, Drew, Denise, Turk, Dr. Cox und in manchen Episoden J.D. zu sehen, wie sie das bekannte Röntgenbild von einem Hörsaal in ein Krankenzimmer weiterreichen. Schließlich hängt es Lucy auf einen Schirm. In jenen Episoden, in denen J.D. vorkommt, übernimmt er diese Schlusshandlung.
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