Die sechste Staffel von Scrubs wurde in den USA das erste Mal von November 2006 bis Mai 2007 auf dem Sender NBC ausgestrahlt. In Deutschland war sie auf Pro7 zwischen Oktober und Dezember 2007 zu sehen.
Das sechste Jahr im Sacred Heart ist das Jahr der Kinder. J.D. und Kim, sowie Turk und Carla, erwarten ihr erstes Kind; Dr. Cox und Jordan bereits ihr zweites. Nach Izzys Geburt steht die Frage an, ob Carla wieder arbeiten geht oder zu Hause bei ihrem Kind bleibt. Die Sache zwischen Elliot und Keith wird ernst, als er ihr einen Heiratsantrag macht, doch Elliot hat schon bald Zweifel daran. Dr. Kelso eröffnet einen neuen Coffeeshop, der direkt an das Sacred Heart angebaut ist. Und neben ihrem Privatleben müssen die Ärzte auch noch eine Menge an Patienten behandeln, unter anderem eine Frau, die alle um sich herum nur singen hört.
J.D. versucht mit der Tatsache, dass er bald Vater werden wird, fertig zu werden, möchte allerdings nicht mit Kim darüber reden. (Mein Spiegelbild) J.D. und Kim überlegen, ob sie das Kind bekommen sollen oder nicht. Doch nach der Geburt von Izzy entscheiden sie sich, es zu behalten. (Mein Baby und sein Baby) Carla muss sich nun entscheiden, ob sie lieber zu Hause bei Izzy bleibt oder arbeiten geht, und Kelso eröffnet das Coffeebucks, um Extrageld zu verdienen. (Mein Kaffee) Elliot wechselt in eine Privatpraxis, (Mein Dr. House) worauf Dr. Kelso sie nur noch ignoriert. (Mein Neid) Eine Frau, die alle um sich herum singen hört, wird ins Sacred Heart Hospital eingeliefert und die Ärzte müssen herausfinden, was ihr fehlt. (Mein Musical) Als ein Soldat in die Klinik eingeliefert wird, erinnert sich Dr. Kelso an seine Army Zeit und die gesamte Belegschaft diskutiert über den Irakkrieg. (Meine streitsüchtigen Kollegen) J.D. und ein paar seiner Kollegen machen eine Spritztour, um bei Kims erstem Ultraschall dabei zu sein, doch sie erzählt ihm, dass sie eine Fehlgeburt hatte. (Meine Spritztour) Nachdem J.D. betrunken seinen Roller geschoben hatte, nahm die Polizei ihm den Führerschein ab. (Mein Durchhänger) Als Turk sich den Arm gebrochen hatte, muss er vier Wochen in der Inneren Medizin arbeiten und versucht, den Respekt von Dr. Cox zu erlangen. (Meine Abmachung) Die gesamte Belegschaft erinnert sich in einer etwas ruhigeren Nacht, in der nicht viel zu tun war, an alle schönen und schlimmen Erlebnisse in den vergangenen sechs Jahren im Sacred Heart. (Meine Erinnerungen)
Nach dem Suizidversuch von Private Brian Dancer wollen ihm alle helfen, wieder auf die Beine zu kommen. (Mein Goldfischglas) Um die häufigen Diebstähle von Krankenhaus-Klamotten zu vermeiden, kauft Dr. Kelso nur noch hässliche braune Arbeitskleidung. (Meine neuen Klamotten) Laverne hat einen Autounfall und liegt nun im Koma. (Mein scharfes Kindermädchen) Alle verabschieden sich von Laverne, bevor sie stirbt. (Meine Patenschaft) Nach ihrer Beerdigung versuchen Einige, die Ratschläge des Reverends umzusetzen, wobei Dr. Cox bemerkt, dass er sich nicht einmal 20 Minuten pro Tag für sich Zeit nehmen kann, um über sich selbst nachzudenken. (Mein tauber Patient) Ted hilft den Schwestern bei einem Streit mit Dr. Kelso und Jordan spielt mit der Beziehung von Elliot und Keith. (Meine Nebendarsteller) Während Elliots College-Freundin in die Stadt kommt, macht Keith Elliot einen Heiratsantrag, (Meine Eifersucht) wodurch J.D. bemerkt, dass er an Keiths Stelle stehen sollte. (Meine kalte Dusche) Als J.D. mit Turk zu einer Tagung nach Phoenix fährt, bemerkt er das Kim gar keine Fehlgeburt hatte, sondern noch immer schwanger ist, und spricht sie darauf an. (Meine Reise nach Phoenix) Nachdem J.D. wieder mit Kim zusammen zieht, (Mein Kaninchen) kommen ihm Zweifel; und auch Elliot ist sich mit Keith nicht mehr so sicher, als sich die Beiden im Bereitschaftsraum beinahe küssen. (Meine Zukunft)
Die sechste Staffel beinhaltet, neben den originalen Songs aus "Mein Musical", Songs von OK Go, Lifehouse, Billy Ocean, Spoon, Aces, The Coral, The Churchills, Say Anything, und vielen mehr.
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