Die fünfte Staffel von Scrubs wurde erstmals zwischen Januar und Mai 2006 auf NBC ausgestrahlt. In Deutschland zeigte ProSieben die 24 Episoden erstmals zwischen Januar und April 2007. Die Staffel erreichte eine Emmy-Nominierung.
Im fünften Jahr im Sacred Heart bahnen sich neue Aufgaben für J.D., Elliot und Turk an. Neue Assistenzärzte kommen und die drei müssen sie ausbilden. Elliot kommt mit einem von ihnen zusammen und J.D. beginnt gegen Ende der Staffel eine Beziehung mit der Urologin Kim. Turk und Carla versuchen zwanghaft, ein Baby zu bekommen.
J.D. ist nun Oberarzt und damit gleichgestellt mit Dr. Cox, weswegen er auch Assistenzärzte ausbilden muss. Elliot hat einen Job in einer neuen Klinik. ("Mein Aufstieg") Weil J.D. sich mit seinen Assistenten gut stellen will, verlieren sie schnell den Respekt vor ihm. ("Mein Sinn für Humor") J.D. bemerkt, dass er in seinem Leben, außer Arzt zu werden, nicht viel erreicht hat, deshalb läuft er bei einem Triathlon mit. ("Mein Triathlon") Da Elliots Stipendium nicht lange dauert, muss sie sich einen neuen Job suchen, also fängt sie in der städtischen Klinik an. ("Meine Laudatio") Da Turk wütenden Sex gut findet, macht er Carla dauernd wütend und beleidigt sie. Jack Cox wird inzwischen getauft und Carla ist die Taufpatin. ("Mein neuer Gott") Als eine sehr nette Patientin, Patricia Wilk, ins Sacred Heart kommt, streiten sich J.D. und Dr. Cox darum, wer sie behandeln darf. ("Mein falscher Rückschluss") Nachdem J.D. an seinem freien Tag angepiept wird, braucht ständig jemand seine Hilfe und er verbringt den ganzen Tag dort. ("Mein Weg nach Hause") Als ein Patient J.D. nicht für seine Arbeit dankt, verfolgt er ihn nach Hause um es sich einzuholen. ("Mein Recht auf ein Dankeschön") J.D. verliebt sich in Julie Quinn und kauft sich ein Grundstück und baut eine Veranda darauf. ("Mein kleiner Tollpatsch") Da Carla nicht schwanger wird, lässt sie einen Fruchtbarkeitstest machen. ("Meine Therapie") Elliot fängt eine Affäre mit Keith an, wodurch Keith sich bei J.D. nicht beliebter macht. ("Mein Kummer") J.D.s liebster Assistenzarzt Cabbage kommt mit der Medizin nicht gut zurecht und bricht seine Ausbildung ab. ("Mein Schützling") Als Mrs. Wilk dem Tode nahesteht, hilft Dr. Hedrick J.D. und Dr. Cox, mit ihrem Tod zurecht zu kommen. ("Mein Leidensgenosse")
Dr. Cox wird zum besten Doktor der Stadt gewählt, hat allerdings ein Problem eine Diagnose zu stellen. ("Mein Walkie Talkie") J.D. lässt sich wegen einer Krebs Patientin eine Glatze schneiden. ("Meine wunderschönen Haare") Carla wird nach langem Probieren endlich schwanger. ("Meine clevere Idee") Dr. Kelsos Hund Baxter stirbt und Carla versucht ihm das Personal vom Leibe zu halten, da er nicht aufhören kann zu weinen. ("Mein Bleistift") J.D. muss einen übergewichtigen Patienten für eine CT in den Zoo schicken, da der Tomograph der Klinik zu klein ist. ("Meine Aufrichtigkeit") Der Hausmeister sperrt J.D. in einen Wasserspeicher und verbringt den Rest des Tages damit, mit einem stummen Patienten zu reden. ("Mein Freund, der Hausmeister") Dr. Cox und J.D. treffen Jill Tracy, eine sehr nervige Patientin, im Supermarkt. Später kommt sie ins Krankenhaus, stirbt dort und sorgt dafür dass noch drei Patienten sterben, da ihre Organe transplantiert wurden, obwohl sie Tollwut hat. ("Mein Mittagessen mit Cox") Dr. Cox fühlt sich schuldig und beginnt zu trinken. ("Mein gefallenes Idol") Dr. Cox kommt zurück zur Arbeit und J.D. bemerkt, dass sich Geschehnisse oft wiederholen. ("Mein Déjà-vu") J.D. lernt Kim im Krankenhaus kennen und beginnt, mit ihr auszugehen. ("Mein neuer Schwarm") J.D.s Leben wendet sich rapide, als Kim schwanger wird. ("Mein perfektes Date")
Sowohl Gabrielle Allan als auch Matt Tarses, zwei Autoren der ersten Staffel, verließen die Serie am Ende von Staffel 4. Eric Weinberg verließ die Serie in der Mitte von Staffel 5, um an einem Pilotfilm zu arbeiten. Tim Hobert und Tad Quill wurden in der Mitte der Staffel zu ausführenden Produzenten befördert. Kevin Biegel und Aseem Batra wurden als feste Autoren für die fünfte Staffel eingestellt.
Die fünfte Staffel beinhaltet Songs von Jet, Keane, Men Without Hats, Toto, Israel Kamakawiwo'oole, Loverboy, Five for Fighting, Boston, Pearl Jam, Ben Folds und The Fray. Am Tag der US-Erstausstrahlung der Episode "Mein Déjà-vu" wurde zudem der Scrubs Soundtrack Vol.2 veröffentlicht, der Songs aus den ersten fünf Staffeln enthält.
