Die vierte Staffel von Scrubs wurde erstmals zwischen August 2004 und Mai 2005 auf NBC ausgestrahlt. In Deutschland zeigte ProSieben die 25 Episoden erstmals zwischen November 2006 und Januar 2007. Die Staffel erreichte vier Emmy-Nominierungen, wovon man sich in einer Kategorie durchsetzen konnte.
Als Turk und Carla von ihren Flitterwochen zurückkommen, ist die Spannung zwischen J.D. und Elliot noch immer vorhanden, da er Elliot das Herz gebrochen hatte. Eine neue Ärztin, Dr. Molly Clock, kommt ins Sacred Heart Hospital. ("Meine Psychiaterin") J.D. und Elliot bewerben sich beide für den Posten als Chief Resident, beide werden genommen, und bekommen ein eigenes Büro. ("Meine Beförderung") Dr. Cox und Jordan finden heraus, dass sie noch verheiratet sind, und lassen sich erneut scheiden. ("Meine Schmach") Alle erinnern sich an die Patienten die sie umgebracht haben als Dr. Cox eine furchterregende Rede an die neuen Assistenzärzte hält ("Meine Begegnung mit dem Tod") und kurz danach findet Elliot heraus, dass Molly der Mentor ist, den sie immer schon gesucht hat. ("Ihre Geschichte") J.D.s Bruder Dan kommt zu Besuch und teilt ihm mit, dass ihr Vater gestorben ist. ("Meine Trauer")Dan bleibt eine Weile und beginnt eine Beziehung mit Elliot, worüber J.D. nicht besonders erfreut ist. ("Mein hollywoodreifer Auftritt") Als Molly das Sacred Heart verlässt kommen J.D. und Elliot zu einer Einigung und hören auf ständig zu streiten. ("Meine einmalige Chance") Ein Kunstfehler Fall zehrt an den Nerven von Ted als die bekannte Kunstfehleranwätin Neena Broderick ihm gegenüber steht. ("Mein Spiel mit dem Feuer") J.D. mag ihre Aggression und verabredet sich mit ihr, bricht die Beziehung aber ab als ihr Klient Turk verklagt. ("Meine Hexe") Elliot bekommt einige Probleme, als sie herausfindet, dass flirten eine gute Methode ist, um zu bekommen, was man möchte, währenddessen hat J.D. ein Problem einen Sohn davon zu überzeugen seinem Vater eine Niere zu spenden. ("Mein Einhorn") Als Weihnachten immer näher kommt, erinnert sich das Personal an ihre besten Momente als Mediziner. ("Mein bester Moment")
Elliot und J.D. verstehen sich wieder besser und helfen sich gegenseitig bei ihren Schwächen. ("Mein Absturz") Dr. Cox lässt eine Vasektomie an sich machen, ist aber nicht glücklich mit seiner Entscheidung. ("Mein Partner") Kurz darauf lernt J.D. Kylie kennen, kann ihr aber nicht sagen, dass Ihr Freund sie betrügt, bis sie es selber bemerkt. ("Mein Eid") Während seinem ersten Date mit Kylie fehldiagnostiziert er einen Patienten mit SARS weshalb das Krankenhaus unter Quarantäne gestellt wird. ("Meine Lügen") Von Coli Bakterien verseuchtes Fleisch versetzt die Bevölkerung in Panik, und J.D. stellt sich sein Leben vor, wenn er in einer Sitcom wäre. ("Meine Sitcom") Turk und Carla schmeißen J.D. aus ihrer Wohnung, bemerken aber kurz danach, dass sie ihn vermissen. ("Meine Mitbewohner") Turk beginnt mit seiner High-School Freundin zu telefonieren, worüber Carla nicht sehr erfreut ist. ("Mein Kuchen") Carla wohnt wegen Eheproblemen bei Elliot, welche versucht, mit Hilfe von J.D., die beiden wieder zu vereinen. ("Mein Chef mal anders") Nachdem J.D. mit Carla aus war, küssen sie sich, was die Situation für Turk noch komplizierter macht. ("Meine Lippen sind versiegelt") J.D. zieht aus als er im Streit zwischen Turk und Carla im Mittelpunkt steht. ("Meine Maßnahme") Die beiden beginnen eine Paartherapie, während sich Elliot Beziehungsratschläge von Dr. Cox geben lässt. ("Mein Glaube an die Menschheit") Turk rettet einem Mann am Imbissstand das Leben und Dr. Cox greift dafür den Ruhm ab. ("Meine Kollegen, die Egozentriker") Elliot findet einen neuen Job, J.D. ersetzt Turk durch Hooch als seinen besten Freund, Jordan nimmt eine Vollzeitstelle im Sacred Heart an und J.D.s viertes Jahr neigt sich dem Ende zu.
Die vierte Staffel beinhaltet u.a. Songs von Beck, Cary Brothers, Dido, Jet, Tart, The Mavericks, Foo Fighters, a-ha, Fountains of Wayne und Howie Day.
Die DVD enthält alle 25 Episoden der vierten Staffel, inklusive Bonusmaterial. Sie wurde in den Vereinigten Staaten am 10. Oktober 2006 und in Deutschland am 15. Februar 2007 veröffentlicht.
