Die dritte Staffel von Scrubs wurde zwischen Oktober 2001 bis Mai 2002 auf dem US-amerikanischen Sender NBC erstausgestrahlt. In Deutschland lief sie das erste Mal zwischen September 2005 bis Oktober 2006. Die dazugehörige DVD ist in Deutschland seit dem 13. April 2006 erhältlich.
Ein neues Jahr für die Besetzung des Sacred Heart. J.D. hat noch immer Probleme über seine Ex-Freundin Elliot hinwegzukommen und dass sie dann wieder mit ihrem Ex-Freund Sean zusammenkommt, macht es dann auch nicht leichter. Nachdem J.D. Elliot davon überzeugt, Sean zu verlassen, werden die beiden erneut ein Paar. Leider merkt J.D. erst kurz darauf, dass er Eliot gar nicht wirklich liebt. Auf dem Probeessen der Hochzeit von Carla und Turk kommt es zum Eklat und J.D. sagt Elliot die Wahrheit.
J.D.s Beziehung zu Dr. Cox und Dr. Kelso hat sich weder verbessert noch verschlechtert. Dr. Cox kümmert sich um sein Baby und legt sich dafür gar mit dem narzisstischen Kinderarzt des Sacred Heart an. Als J.D. von seinem Bruder Dan besucht wird, gerät dieser in Streit mit Cox. Dan ist der Meinung, dass dieser seinen Bruder zu einem ebenso großen Zyniker macht, wie er einer ist.
Im Krankhaus lernt J.D. die Schwester von Jordan kennen: Danni. Mit ihr will er versuchen, sich über Eliot hinwegzutrösten. Dies passt Cox natürlich gar nicht und er verrät Danni, dass J.D. auch mit ihrer Schwester geschlafen hat. Letztlich trennen sich Danni und J.D., da sie zufällig mithört, dass ihr Freund lieber etwas mit Eliot unternimmt als mit ihr.
Für mehrere Folgen arbeitet Dr. Kevin Casey (gespielt von Michael J. Fox), ein Studienkollege von Dr. Cox, am Sacred Heart. J.D. erwählt diesen zu seinem neuen Mentor, muss jedoch feststellen, dass der unter Zwangsneurosen leidende Arzt nicht der richtige dafür ist. Dennoch beeinflusst Casey das Leben zahlreicher Mitarbeiter des Sacred Heart.
Zum ersten Geburtstag von Cox' Sohn Jack erscheint dessen gesamte Verwandtschaft. Auch Danni und Ben, die Geschwister von Jordan tauchen im Saced Heart auf. Ben hat sich nach seiner in der ersten Staffel überstandenen Leukämieerkrankung nicht mehr untersuchen lassen und verstirbt überraschend. Cox gibt J.D. die Schuld, stürzt sich in die Arbeit und will nicht wahrhaben, dass sein bester Freund gestorben ist.
Turks neue Chefin Dr. Miller sorgt für Probleme. Sie hält ihn für einen Sexisten.
Da Dr. Miller sehr attraktiv ist, lädt Carla sie nicht zur Hochzeit ein, was wiederum für Ärger sorgt. Da die Hochzeit nun immer näher rückt, werden Turk und Carla von der Panik gepackt. Carla geht mit ihrem früheren Schwarm essen, Turk traut sich nicht die Einladungen zu verschicken.
Alle gehen etwas relaxter an die Arbeit heran da sie Dr. Kelso, wegen seiner Nasenverletzung die ihm Dr. Cox zugefügt hatte, hören können wenn er kommt.
Die dritte Staffel beinhaltet Songs von U2, Journey, REM, Matthew Sweet, Enrique Iglesias, Stroke 9, Coldplay, Counting Crows, Josh Radin, Avril Lavigne, Rhett Miller, und vielen mehr.
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