Die dritte Staffel von Scrubs wurde erstmals zwischen Oktober 2003 und Mai 2004 auf NBC ausgestrahlt. In Deutschland zeigte ProSieben die 22 Episoden erstmals zwischen September 2005 und April 2006. Die Staffel erreichte zwei Emmy-Nominierungen.
Ein neues Jahr beginnt für die Mitarbeiter des Sacred Heart Hospitals: Elliot unterzieht sich einer kompletten Verwandlung, um ihr Glück zu wenden und die Mitarbeiter des Sacred Hearts entdecken die unglaublichen Heilkräfte einer Offenbarungstoilette. J.D. und Elliot testen erneut, ob sie eine gemeinsame Zukunft haben, während Turk und Carla heiraten. Währenddessen muss sich Dr. Cox mit allen um ihn herum auseinandersetzen, einschließlich Dr. Kelso und Jordan und der Hausmeister macht J.D. das Leben weiterhinr schwer.
Elliot, frustriert von ihrem Privatleben und der Tatsache, dass sie im Krankenhaus übersehen wird, lässt sich umstylen, was ihrem Selbstwertgefühl hilft, und trifft sich wieder mit einer alten Flamme Sean Kelly("Mein drittes Jahr"), was J.D. eifersüchtig macht. ("Meine neue Ära") Einige Tage später bekommen die drei Assistenzärzte ihre eigenen Praktikanten als Mentoren, die sie mit unterschiedlichen Lehrmethoden ansprechen. ("Mein Berater") J.D. beginnt sich gegenüber seinen Freunden wie das fünfte Rad am Wagen zu fühlen ("Mein Stolz") und ist umso frustrierter, als sein älterer Bruder Dan ihn wieder besucht. ("Mein großer Fehler") Turk lernt Carlas Bruder Marco kennen und die beiden kommen nicht miteinander aus, während sich J.D.s Schicksal ändert, als er beginnt, sich mit Jordans Schwester Danni zu verabreden. ("Mein Handtaschentrick") Währenddessen wird Dr. Kelso vorübergehend taub, was alle ausnutzen, um ihn zu beleidigen. ("Meine fünfzehn Sekunden") Die drei Freunde haben alle ihre eigenen Erfahrungen damit, als "Ärzte" und nicht als "Studenten" bezeichnet zu werden. ("Meine Kollegin") Elliot hat immer noch Probleme, über ihre Geschlechtsteile zu sprechen ("Mein Verzicht") und mit sexuellen Situationen mit Patienten umzugehen. ("Meine Regeln") J.D. und Elliot haben ein paar harte Tage, als Danni nach einer langen Beziehung mit J.D. Schluss macht und Elliot wegen ihres neuen Aussehens Probleme mit ihren Kollegen bekommt. ("Mein sauberer Abgang")
Ein sehr talentierter Arzt, Kevin Casey, kommt ans Sacred Heart und alle mögen ihn, bis er anfängt, alle in den Schatten zu stellen. ("Mein Katalysator") Dr. Casey überwindet einige seiner Ängste, während J.D. verärgert ist, als Turk seinen Bruder bittet, bei seiner Hochzeit sein Trauzeuge zu sein. ("Meine Offenbarung")Ben Sullivans Rückkehr ins Krankenhaus bringt schlechte Nachrichten ("Meine Schuld"), die Dr. Cox sehr erschüttern. ("Meine sexistischen Kollegen") Nachdem J.D. und die anderen über die Rolle des Schicksals in ihrer Karriere gesprochen haben ("Mein Schmetterling"), kehrt Carlas alter Schwarm Ron Ramirez ins Sacred Heart zurück und Elliot irrt sich schrecklich bei der Diagnose eines Patienten. ("Meine Freundin Carla") Turk fragt sich, ob er endlich heiraten soll, während J.D. versucht, Elliot zurückzugewinnen. ("Mein Freund Turk") Nach kurzen Affären (Danni/J.D. und Sean/Elliot) ("Meine kniffligste Entscheidung") werden J.D. und Elliot wieder ein Paar. ("Meine wahren Gefühle") J.D. erkennt, dass er nur das will, was er nicht haben kann und gibt Elliot öffentlich den Laufpass. ("Mein Rückzieher") Turk und Carla heiraten und fahren in die Flitterwochen, aber Elliot und J.D. sind zerstrittener als je zuvor. ("Mein bester Freund heiratet")
Rich Eustis wurde als Berater für die Staffel eingestellt. Darüber hinaus schrieb Justin Spitzer ein sog. "spec script", was für eine Episode verwendet wurde.
Alle gehen etwas relaxter an die Arbeit heran da sie Dr. Kelso, wegen seiner Nasenverletzung die ihm Dr. Cox zugefügt hatte, hören können wenn er kommt.
Die DVD enthält alle 22 Episoden der zweiten Staffel, inklusive Bonusmaterial. Sie wurde in den Vereinigten Staaten am 9. Mai 2006 und in Deutschland am 13. April 2006 veröffentlicht.
Trivia[]
Die Episode "Mein Verzicht" sollte in den USA ursprünglich am 16. Oktober 2003 ausgestrahlt werden. Das gesamte NBC-Programm wurde jedoch gestrichen, da die Major League Baseball 2003 American League Championship Series auf Fox zu einem siebten Spiel führte. Die anderen NBC-Sendungen dieser Nacht (u.a. Friends, ER und Will & Grace) verschoben alle ihre geplanten Episoden auf die folgende Woche. Aus unbekannten Gründen wurde diese Episode jedoch nicht auf die folgende Woche verschoben und stattdessen in umgekehrter Reihenfolge ausgestrahlt. Dabei wurden kleine Änderungen vorgenommen, um Ungereimtheiten zu kaschieren, beispielsweise, dass Sean anwesend und J.D. Single ist. In der internationalen Ausstrahlung wurde die Episode in ihrer ursprünglichen Form und Reihenfolge ausgestrahlt. Auch die DVD-Versionen verwenden die die Originalfassung.