Die zweite Staffel von Scrubs wurde erstmals zwischen September 2002 und April 2003 auf NBC ausgestrahlt. In Deutschland zeigte ProSieben die 22 Episoden erstmals zwischen Februar 2004 und September 2005. Die Staffel erreichte eine Emmy-Nominierung.
J.D., Turk und Elliot sind nun nicht mehr länger Anfänger und fühlen sich jetzt selbstsicherer bei ihren Aufgaben im Sacred Heart Hospital. Anstatt es den dreien leichter zu machen, machen Dr. Kelso, der Hausmeister und Dr. Cox es ihnen nur schwerer, sich als ernstzunehmende Ärzte zu fühlen. Beziehungen kommen und gehen, außer bei Turk und Carla. Deren Gefühle füreinander prägen sich so weit aus, dass sich die beiden verloben. Dr.Cox und Jordan bekommen zudem ihr erstes Baby, Jack.
Die Sacred Heart Belegschaft muss mit den von Jordan offenbarten Geheimnissen von dem letzten Tag ihres
ersten Jahres umgehen. ("Mein Rundumschlag") Kurz danach führen J.D., Elliot und Turk eine ganze Nacht alleine, ohne einen Oberarzt, die Intensivstation. ("Mein Nachtdienst") Alle Assistenzärzte wollen unbedingt die Reise nach Reno gewinnen ("Mein Ticket nach Reno") und danach lernen sie, dass es wichtigere Dinge gibt, als Geheimnisse für sich zu behalten.("Meine große Klappe") Elliot versucht verzweifelt von Dr. Cox als richtige Kollegin angenommen zu werden und realisiert dass Dr. Cox immer ihr Vorgesetzter sein wird und findet sich damit ab. ("Mein Kittel") J.D. findet heraus, dass er mit seiner Identität sehr zufrieden ist, im Gegensatz zu der seines nervenden Bruders. ("Mein großer Bruder") Dr. Cox wird von der Pharmavertreterin Julie verführt ("Mein erster Schritt") und schläft danach mit ihr, entscheidet sich allerdings, als sie auftaucht, für seine schwangere Ex-Frau Jordan. ("Mein Pudding") Nachdem ihr Vater ihr den Geldhahn abdreht, ist Elliot nun in finanziellen Dingen auf sich selbst gestellt. ("Mein Glückstag") Nachdem J.D. sich mit dem Kioskmädchen verabredet ("Mein Monster") und nichts daraus wird, werden Elliot und J.D. "Sexfreunde". ("Meine Bettbeziehung")
J.D. und Elliot kehren wieder in den Freundschaftsstatus zurück ("Meine neue alte Freundin") und Turk verliert seinen Verlobungsring für Carla. ("Meine Theorie") J.D.s Pechsträhne hält weiter an, als er dafür verantwortlich ist, dass der von allen gemochte Arzt, Dr. Townshend, gefeuert wird. ("Mein modernes Wissen") Dr. Cox ist in Behandlung bei einem Therapeuten, der ihn dazu bringt einen Rat von J.D. anzunehmen. ("Seine Geschichte") Elliot und Carla haben Beziehungsprobleme mit ihren Beziehungspartnern Paul und Turk, während Jordan ihr erstes Baby bekommt. ("Mein Karma") Ein Privatarzt und früherer Kollege von Dr. Cox kommt ins Sacred Heart und lehrt J.D. wie mit Dr. Cox umzugehen ist. ("Mein Coach") J.D. trifft eine schwerwiegende moralische Entscheidung als er mit der Ehefrau eines Komapatienten ausgeht ("Meine scharfe Koma-Braut") und macht eine weitere schwerwiegende Entscheidung als er sich während seiner Chirurgen-Weiterbildung mit den anderen Chirurgen gutstellen will. ("Mein Größenwahn") Als der Komapatient stirbt beginnt J.D. mit dessen Frau zu schlafen ("Meine Interpretation") die Beziehung hält allerdings nicht lange an. Carla wollte nach dem Tod ihrer Mutter sofort heiraten, allerdings beschließt Turk die Hochzeit abzublasen, da es nicht die Hochzeit wäre, die Carla sich immer gewünscht hatte. ("Mein Drama") Kurz danach beginnen alle Ärzte des Sacred Heart darüber nachzudenken, ob sie mit ihrem Job zufrieden sind und Dr. Cox schlägt Dr. Kelso ins Gesicht, als er Elliot beleidigt. ("Mein Traumjob")
Für diese Staffel wurden Tim Hobert als beratender Produzent, Angela Nissel als feste Autorin und April Pesa als Drehbuchkoordinatorin eingestellt. Auch Bonnie Sikowitz und Hadley Davis, die Lawrence durch seine vorherige Serie Chaos City kannte, schrieben in dieser Staffel eine Episode.
Regie Craig Zisk - Drehbuch: Eric Weinberg* Turk, J.D., und Elliot haben ihre erste Nachtschicht ohne einen Oberarzt, und sind komplett auf sich allein gestellt.
Die zweite Staffel beinhaltet u.a. Songs von Colin Hay, Toad The Wet Sprocket, Counting Crows, Barenaked Ladies, David Bowie und Simple Minds. Der Scrubs (Soundtrack) wurde ebenfalls kurz nach Premiere der zweiten Staffel in den USA veröffentlicht, welche Songs der ersten Staffel, und "Overkill" von Colin Hay der Episode "Mein Rundumschlag" der zweiten Staffel enthält.
Die DVD enthält alle 22 Episoden der zweiten Staffel, inklusive Bonusmaterial. Sie wurde in den Vereinigten Staaten am 15. November 2005 und in Deutschland am 13. Oktober 2005 veröffentlicht.