In vielen Episoden von Scrubs spielt die Familie eine große Rolle. Einige versuchen von ihrer Familie endlich aktzeptiert zu werden, andere schlagen sich nur mit Peinlichkeiten, verbunden mit ihrer Familie, herum. Ähnlich wie bei der Suche nach Liebe und Anerkennung ist das Ziel einer solchen Familie, die Bestrebung oder wenigstens ein Grundbedürfnis danach. Im Laufe der Jahre wurden Familien neu gegründet, z.B. durch Heirat, und mehrere Kinder wurden geboren.
J.D. hatte keine besonders starke Bindung zu seiner Mutter Barbara, da sie ihn und seinen Bruder, als sie kleine Kinder waren, einfach zurückgelassen hat.
J.D.s Bruder Dan besucht J.D. manchmal im Sacred Heart, wobei er dort J.D. fast immer nur auf die Nerven geht. Doch als er sein Leben in Griff bekommt, ist J.D. neidisch auf ihn. (Mein großer Bruder, Mein Erwachsenwerden)
Sam, J.D.s Vater, versucht immer ein guter Vater zu sein, wobei dies manchmal nicht funktionierte, weil das Geld knapp war. J.D. war es auch immer peinlich, wenn Sam ihn besuchte, doch er versöhnte sich dann doch mit ihm. (Mein alter Herr). Als Sam verstarb war J.D., aber vor allem Dan, schwer getroffen. (Meine Trauer)
Elliot hat eine große Familie, und erzählt immer mal wieder im Krankenhause über sie, u.a. über ihre Brüder Barry und Bradley.
Doch genauso oft ist Elliot von ihrer Mutter Lily gekränkt, weil sie immer von ihr fertiggemacht wird, und sie ihre Kindheit ruiniert hat.
Elliot wurde in eine Familie voller Ärzte geboren, vor allem muss sie sich ihrem Vater Simon beweisen. Als sie dann seinen Anweisungen nicht mehr befolgte, drehte er ihr den Geldhahn zu.
Turks älterer Bruder Kevin macht zwar einen netten und lustigen Eindruck, schafft es aber nicht oft, bei seinem Bruder zu sein. Er schaffte es nicht einmal auf Turks Hochzeit.
Turks Mutter Margaret ist sehr liebevoll zu seinem Sohn, und beschützt ihn auch vor einer verbalen Attacke von Marco, als sie sich mal wieder streiten.
Carlas Familie und ihre Vorfahren sind sehr wichtig für sie. Sie ist immer stolz auf ihrer Herkunft, und versteht auch nicht, warum das Turk nicht so wichtig ist.
Am Anfang wohnten Carla und ihre Mutter noch in einer gemeinsamen Wohnung, bis Carla dann zu Turk zog. Obwohl Carlas Mutter manchmal selbstherrisch und laut ist, wurde sie von Carla sehr geliebt. Umso größer war dann die Trauer, als sie verstarb.
Carlas Geschwister halfen sich gegenseitig, vor allem als ihre Mutter starb. Gabriella, Maria und Marco waren auch auf Carlas Hochzeit.
Obwohl sich Perry kalt und gefühlslos zeigt, erkennt er, dass er zu Jordan gehört, und bei ihr und ihren 2 gemeinsamen Kindern bleibt.
Als Perry und Jordan ihre Beziehung im Griff hatte, kam heraus, dass sie rein rechtlich noch verheiratet sind und die Scheidung ungültig ist, doch trotzdem ließen sie sich wieder scheiden. (Meine Schmach) Danach begann Perry allerdings, seinen Ehering wieder zu tragen. (Meine sprechenden Hände)
Als ihn seine Schwester Paige im Krankenhaus besuchte, war Perry auch am Ende seiner Nerven, da sie ihm mit ihrer Religion mächtig nervte. (Mein neuer Gott)
Dr. Kelso spricht oft darüber, wie sehr er seine Frau Enid hasst. Zwar ist er manchmal nett zu ihr, z.B. wenn er mit ihr telefoniert, doch viele weitere Male lacht er nur über sie, dass sie nicht laufen kann, und im Rollstuhl sitzen muss.
Dr. Kelso hat mit Enid einen homosexuellen Sohn, Harrison, der oft Sachen von Bob verlangt, mit denen er nicht einverstanden ist. Zwar nervt Harrison ihn immer wieder mit neuen Liebschaften, doch eigentlich ist Bob stolz auf ihn.
Eigentlichist nur sehr wenig über den Hausmeister bekannt, er erzählt nur oftmals angeblich wahre Geschichten rund um seine Familie.
Einmal besuchte ein Mann, vermutlich sein Vater, das Sacred Heart. Er zeigt ein ähnliches verhalten wie sein Sohn auf, also gefühlslos und mürrisch. (Mein alter Herr) Seine Mutter ist in einer kurzen Rückblende zu sehen. (Mein Schmetterling)